Tagliare pdf in corrispondenza dei crop marks

Dipende.
Dipende dal fatto che tu disponga dei file sorgente e tu quindi posa usare pacchetti come geometry che possono distinguere il formato della carta dal formato del layout, per cui puoi tranquillamente usare geometry, o la classe memoir, o una delle classi KOMA-Script (che però sono più rigide) e ricomporre il sorgente dopo aver impostato l’area del alyout coe meglio credi, in modo da non avere bisogno dei crop marks e avere il tuo testo come lo voi tu.

Se disponi solo del PDF già fatto, le uniche cose che io vedo sono queste:

1) usi pdfpages dopo aver letto la documentazione; le funzionalità sono troppe per poterle descrivere in un messaggio sul forum.
La documentazione non la devi andare a cercare in giro, ce l’hai già nella tua installazione del sistema TeX; apri un terminale o un prompt dei comandi, ci scrivi dentro texdoc pdfpages, premi il tasto “invio”, e finalmente leggi la documentazione.

L’unico difetto che potresti notare è che se il PDF originale contiene dei collegamenti ipertestuali, passando attraverso pdfpages li perdi.

2) disponi di un visualizzatore PDF che ti permette di rifilare il documento; sul Mac potresti usare Preview/Anteprima. Oppure hai Adobe Acrobat Pro (commenrciale; Adobe Reader (gratuito) non credo che abbia queste funzionalità). Per altre piattaforme (Windows, Linux) a parte Adobe Acrobat Pro che è disponibile anche per Windows, non sarei darti indicazioni. Questi editor più o meno avanzati permettono di usare un’opzione con la quale, dopo aver selezionato il rettangolo di rifilatura (che ovviamente passa per lo spigolo dei cropmarks) pui decider se applicare il ritaglio solo a quella pagina o a tutte le pagine. In questo caso è vero che il foglio di “carta virtuale” ti diminuisce le dimensioni nominali,ma quando stampi puoi chiedere alla stampante di riempire al carta vera fino ai margini; trattandosi di file vettoriali (se il PDF di origine era veramente un PDF vettoriale) la stampa avviene sul foglio A4 un po’ ingrandita e completamente contenuta nel foglio. Certo se il PDF originale aveva i cropmarks che definivano un quadrato, questo nella stampa resta quadrato e ti resta un bordo da tagliare dal foglio A4 rettangolare

Certo i quattro valori di trim sono gli stessi da dare all corrispondente comando \includegraphics, e nell’ordine sono left, bottom, right, top; avendo dato tutti zeri tranne che all’ultimo, è evidente che tagli via 5cm dall’alto e il tutto si sposta 5 cm in alto.
Sono sicuro che puoi fare di meglio. La documentazione di pdfpages è scritta in inglese, è vero, ma è un inglese piuttosto facile.