Ampiezza validità comando (dentro e fuori gruppo)

No, sbagli ad usare le graffe; se scrivi `{\lining 12345}`funziona come previsto;
\lining è una specie di dichiarazione: “di qui in avanti usa le cifre maiuscole”. Siccome non è globale resta in vigore o dentro al gruppo \begingroup … \endgroup, (esplicito come nel tuo esempio, o implicito come quando lo usi all’interno di un ambiente) oppure dentro ad un gruppo formato da una coppia di graffe esplicite o implicite: esplicite {…}, implicite \bgroup … \egroup.

Se tu avessi definito \lining con `\newrobustcommand\lining{\global\addfontfeatures{Numbers=Lining}}` non ci sarebbe stato nessun gruppo o coppia di parentesi graffe espliciti o impliciti che ne avesse potuto rendere locale l’effetto.

Diverso sarebbe stato se avessi definito il tuo comando con un argomento`\newrobustcommand\Lining[1]{{\addfontfeatures{Numbers=Lining}#1}}` che compone il suo argomento `\Lining{12345}` già racchiuso nel gruppo (le doppie parentesi graffe: quelle più esterne racchiudono la definizione del comando, quelle immediatamente più interne delimitano lo scopo della dichiarazione).