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Intanto la definizione di \chaptermark è sbagliata, perché \maekboth vuoel due argomenti.
\setcounterpage prima di \begin{document non serve a niente, è il valore di default.
Il pacchetto float serve per definire ambienti mobili oltre a figure e table; NON serve epr usare il codice di posizionamento H benché lo definisca, perché NON lo si deve usare mai e per nessun motivo, come è spiegato in ogni guida; potrebbe essere utile per inserti di piccolissime dimensioni, ma di fatto questi inserti sono rarissimi; se sev=rve il comando \captionof per mettere didascalie ad oggetti non mobili (pessima idea; se un oggetto è piccolo e fisso non ha bisogno di nessuna didascalia, se è grande ha bisogno di una didascalia e deve essere mobile.
\DeclareGraphicsExtensions serve per aggiungere estensioni a quelle cercate di default, che sono proprio quelle che specifichi tu; non serve a niente.
Carichi due volte floatsflt
L’impostazione di geometry è orrenda, specialmente tendo conto che un bordo inferiore di 1cm dovrebbe contenere dei piedini fortemente strutturati con molto testo scritto (nome del laureando, relatore (perché prof.ssa quando si chiama Roberta e nessuno può avere dubbi sul suo genere? Le abbreviazioni di quel genere sono corrette solo in commercialese, legalese, burocratese, non in italiano). Per la geometria della pagina devi leggerti qualcosa sull’argomento; nella sezione documentazione di questo sito non hai che l’imbarazzo della scelta. Come regola generale il margine superiore non è mai maggiore del margine inferiore e il margine interno (left) non è mai maggiore del margine esterno. poi dipende da cos ci si vuol mettere nei marigni; testatine e piedini, note marginali esterne ed interne; poi bisogna guardare che li linea di testo (la giustezza, non sia troppo grande tale da perdere il filo per trovare l’inizio della riga successiva perché la lettura diventa faticosa).
Non vado avanti con gli errori che hai commesso, perché come ha detto @Marluxia non devi far altro che inviare un esempio minimo compilabile; questo si fa con le indicazioni contenute nella guida tematica sull’esempio minimo compilabile, sezione documentazione di questo sito. MA dovresti anche fare attenzione a non mettere in pubblico dati sensibili; è chiaro che nessuno di noi abusa del forum per recuperare i nomi dei laureandi e quelli dei relatori; le recenti notizie di livello mondiale relative a all’uso scorretto dei dati personali dovrebbero farti pensare; e dovrebbero indurti ad essere più prudente nel distribuire questi nomi.
Ti suggerisco di leggerti qualche guida; una molto bella nel tuo caso potrebbe essere quella la guida tematica sulla composizione delle tesi.
Il tuo problema potrebbe essere legato al primo errore che ti ho segnalato; ma potrebbe essere legato con altre cose; quindi ci vuole l’esempio minimo compilabile.
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