Recupero File Sovrascritti

Dipende dal sistema operativo, non dal sistema TeX.
Purtroppo però oggi non conosco nessun sistema operativo per macchine individuali che salvi le versioni passate.
Esiste al possibilità di lavorare con strumenti come github che localmente o in rete sono in grado di salvare e conservare le versioni precedenti.
La pratica del backup sarebbe anche una pratica utile e un disco esterno di sufficiente capacità col quale eseguire un backup giornaliero, magari alle 3 di notte, permetterebbe di evitare la maggior parte di questi guai.
Invece non credo che salvare in cloud di vario genere serva per questi casi; è utilissimo quando si cambia macchina, perché si recupera tutto quello che era presente sulla macchina precedente, ma non credo che serva per recuperare file sovrascritti.
Col vecchio sistema operativo DOS, se si interveniva subito, era possibile eseguire il recupero di un file cancellato o la versione immediatamente precedente di un file duplicato come è successo a te, ma anche in quel caso dopo due settimane recuperare qualcosa era praticamente impossibile.

Mi spiace; però guarda il lato positivo di questo incidente: hai imparato ad fare attenzione come salvare i file, in particolare MAI col nome di default assegnato dall’editor a qualunque documento; caschi il mondo, mai con quel nome.