::
Innanzi tutto Il pacchetto TOPtesi fa già parte di ogni installazione del sistema TeX aggiornata e completa; non è escluso che la copia che ti ha fornito l’università sia obsoleta; la versione corrente è la 6.3.05 del 2019-07-01. Le sue documentazioni si leggono con i comandi da terminale [tt]texdoc toptesi.pdf[/tt] (quella del codice) e [tt]texdoc toptesi-it[/tt]quella sulle tesi in generale, comprese quelle di dottorato della scuola di dottorato del Politecnico di Torino,oltre che le tesi in generale, comprese quelle dottorali, di “qualsiasi” università.
Leggine la documentazione in italiano/inglese , in particolare la parte che si riferisce alla SCUola di DOttorato (SCUDO) del Politecnico di torino, per le tesi della quale è previsto l’uso del pacchetto biblatex e del programma biber, Per le altre tesi si suppone di usare il programma di estrazione bibtex accompagnato dal pacchetto natbib, meno performante di quello che si può ottenere con biblatex+biber. MA per le tesi nelle discipline sperimentali anche l’approccio meno performante va benissimo.
Ciò premesso, mi viene il sospetto che aggiornando MikTeX, o anche prima, tu disponessi di una installazione non aggiornata e/o incompleta di MikTeX. Controlla. Se ti rimanessero dei dubbi, prendi in considerazione di disinstallare completamente MikTeX (con le procedure specifiche della tua versione del tuo sistema operativo) e di installare TeX Live, come descritto nelle verie guide che trovi nella sezione Documentzione di questo forum. L’installazione standard, anche per Windows, prevede anche il programma tlmgr (.exe) il cui nome significa TeX Live Manager, che ti permette di mantenere aggiornata la tua installazione, volendo, anche giornalmente; io me la mantengo aggiornata circa ogni sette-dieci giorni.
MikTeX è una installazione storica per macchine Windows, ed è ottima, ma è curata da una sola persoona; i suoi aggiornamenti sono sempre in ritardo di qualche settimana o di qualche mese rispetto agli aggiornamenti di TeXLive; ho cominciato con MikTeX con la sua prima versione appena uscita; ma poi una quindicina di anni fa ho abbandonato Windows e sono passato a Mac, e MikTeX non era più usabile; in compenso MacTeX contiene tutto TeXLive, completo, e poso aggiornare con la frequenza che voglio; settimanalmente ci sono sempre alcune decine di pacchetti aggiornati e una mezza dozzina di pacchetti nuovi; vedi tu se vale la pena disporre di una installazione aggiornabile frequentemente.
PS. Sei sicura di eseguire biber con le prerogative dell’amministratore? Controlla se hai avuto un recente aggiornamento del sistema operativo che gestisce le prerogative degli utenti in modo diverso da quello che (non) faceva prima dell’aggiornamento.