TeXstudio è un semplice editor che aiuta moltissimo a comporre i file sorgente per lavorare con il sistema TeX. Non c’entra niente con la composizione o con la divisione in sillabe o con i pacchetti da caricare. Non è opportuno avere nella stessa macchina TeXLive e MiKTeX, e in particolare se MiKTeX si carica dei pacchetti, questi non sono disponibili anche per TeXLive.
Il file .log ha lo stesso nome del file della tesi e l’estensione .log; si trova nella stessa cartella del file (principale) della tesi.
Template è il nome inglese che indica un modello da copiare; ovviamente il modello contiene del testo per far vedere come funziona, ma tu devi metterci del tuo testo al posto di quello del modello.
Le altre classi che non usano modelli funzionano più o meno come la classe book; la documentazione va letta sempre e comunque, probabilmente con MiKTeX (ripeto TeXstudio non c’entra niente) ma certamente con TeXLive il comando da terminale, per esempio, texdoc toptesi-it ti eprmette al documentazione italiana di TOPtesi (in particolare la documentazione stessa è stata composta con TOPtesi, quindi anche solo leggendo o sfogliando la documentazioni ti rendi conto facilmente di che cosa puoi fare). Lo stesso vale per le altre classi, tranne quelle con i template.
Se vuoi risparmiare tempo leggiti i primi capitoli de L’Arte di scrivere con LaTeX; ne hai bisogno perché dai tuoi messaggi sembrerebbe che tu non abbia ancora chiara la distinzione fra editor e programma di composizione. Forse mi sbaglio, ma questa sembra essere l’impressione non solo mia. Leggiti anche babel-italian con texdoc babel-italian, credo che sia necessario.
Un altro consiglio: i pacchetti che hai caricato nel preambolo sono caricati a caso; su ogni guida c’è scritto di caricare amsmath e amssymb, e di non caricare amsfonts (che viene caricato da amssymb); e definizioni di \textsubscript sono copiate da qualche parte e non sai nemmeno se ti servono; con l’opzione italian per babel hai già a disposizione i comandi \ap (per gli apici) e \ped{per i pedici).
Infine, tornado all’argomento del tuo primo messaggio, senza vedere il file .log si può solo tirare a indovinare, ma con il file .log, forse, si può capire quale sia il tuo problema.