Indice generale in Claen Thesis

Salve a tutti, ho un problema molto semplice che però non riesco a risolvere. Sto usando Clean Thesis per scrivere la tesi magistrale. A parole (dopo metterò il codice) ciò che vorrei risolvere è questo: nell’indice generale compaiono, come voglio che succeda, i nomi delle sezioni, delle sottosezioni e delle sottosottosezioni. Le sezioni (che hanno nome in grassetto) sono numerate con 1, 2, 3, ecc. Mentre le sottosezioni sono numerate in una maniera strana: per esempio, le tre sottosezioni del capitolo 1 sono numerato come 1.0.1, 1.0.2, 1.0.3. Mentre le sottosottosezioni della prima sottosezione sono numerate come 1.0.1.1, 1.0.1.2.
È chiaro che non vorrei quello zero tra i piedi! Vorrei che le subsection fossero 1.1, 1.2, 1.3 e le subsubsection fossero 1.1.1, 1.1.2, ecc.

Vi metto in allegato una foto del problema. [attachment]C:\fakepath\Immagine.png[/attachment]
Qui sotto copio il file .tex (ce ne sarebbero due, ma penso sia questo quello da usare) in cui ci sono tra le altre cose le varie opzioni per l’indice.

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% Document Class Definition
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\documentclass[%
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11pt, % font size
headings=normal, % size of headings
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appendixprefix=false, % but display a prefix for appendix chapter
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]{scrreprt}%

% **************************************************
% Setup YOUR thesis document in this file !
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% Document CONTENT
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\begin{document}

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% of a page (see \raggedbottom vs. \flushbottom)
%\raggedbottom

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\cleardoublepage

\input{content/chapter-introduction} % INCLUDE: introduction

% ————————–
% Body matter
% ————————–
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\pagestyle{scrheadings} % header and footer style

%% Uncomment the following lines using the \part command
%% to add part sections
%\part{Example Part}

\input{content/chapter1} % INCLUDE: chapter 1
\input{content/chapter2} % INCLUDE: chapter 2

%\part{Additional Example Part}
\input{content/chapter3} % INCLUDE: chapter 3
\input{content/chapter4} % INCLUDE: chapter 4
\input{content/chapter-conclusion} % INCLUDE: conclusion

% ————————–
% Back matter
% ————————–
%
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\setstretch{1.1}
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\newrefcontext[labelprefix={@}]
\printbibliography[heading=subbibliography,title={Webpages},type=online]
}
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%\cleardoublepage

%\listoftables
%\cleardoublepage

\appendix\cleardoublepage
\input{content/chapter-appendix} % INCLUDE: appendix

%\cleardoublepage
%\input{content/declaration}
%\clearpage

\newpage
\mbox{}

% **************************************************
% End of Document CONTENT
% **************************************************
\end{document}

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Grazie se saprete aiutarmi, spero di avervi dato tutte le informazioni per poter cercare di risolvere il problema.

Francesco