Appena ho scritto la prima versione della risposta mi è venuto in mente il perché! Non c’è il contatore chapter in scrartl. È obbligatorio usare scrbook.
Quel pacchetto carica una miriade di pacchetti, credo anche in modo molto confuso e ha un certo numero di errori, fra cui un numero impressionante di \makeatletter e \makeatother che in un file .sty sono proibiti.
Vero, il codice di Classicthesis non brilla per pulizia. Il risultato estetico però è notevole. Durante queste vacanze mi ero proposto di scrivere un pacchetto analogo che si appoggiasse sulla classe book (in modo da usare layaureo e geometry, che con le classi KOMA non vanno d’accordo), ma mi sono arenato: troppo difficile, per me.
Ad ogni modo, assodato che con Classicthesis è necessario usare scrreprt, mi suggeriresti uno stratagemma per avere le sezioni e le equazioni numerate come 1, 2, … e non come 0.1, 0.2, … Ricordo di aver letto da qualche parte che con uno strategemma era possibile, ma non ricordo dove.
Ciao e grazie,
Lorenzo