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sei sicuro che non usi qualche encoding che non piace ad acrobat?
di solito i odf schifosi vengono perché si usa qualcosa di simile a
\usepackage[T1]{fontenc}
è il tuo caso?
leggi l’insostituibile pdfHOWTO nella sezione download di guit, potresti risolvere il tuo problema.
ciao
f