Non ti rispondo ora alla domanda sulle bibliografie a fine capitolo, perché è tardi e non sono lucido.
Ma nel tuo ultimo messaggio ci sono una cosa buona e una cosa orrenda.
Quella buona è che come ti preannunciavo, se avessi tolto i pacchetti inutili, il preambolo si sarebbe ridotto della metà.
La cosa orrenda è la tua ultima frase:
ho eliminato ipuntenc poiché usando texstudio la codifica impostata di base è la utf8.
Purtroppo questa frase dimostra che ti è del tutto oscura la differenza fra l’editor TeXstudio e il compilatore pdfLaTeX.
Sono de cose diverse e indipendenti; TeXstudio è solo una intefaccia grafica che contiene anche un editore di testi, ma come GUI ti permette di far girare i programmi del sistema TeX. Se non fosse una interfaccia grafica, se stessimo lavorando col il vecchio e glorioso sistema DOS 6.3, l’editor e il compilatore sarebbero entrambi due programmi distinti da azionare dalla linea di comando e non vedresti nessun legame fra l’editore il il compilatore.
Con un sistema a finestra, come sono tutti i sistemi operativi di oggi, TeXtudio è un editore che contiene dei bottoni e delle voci di menu che ti consentono di non dover mai aprire la finestra comandi per lanciare il compilatore con le dovute opzioni, ma una volta che hai cliccato, per esempio, sull’icona Build, TeXstudio si auto-sospende, manda il debito comando di compilazione al sistema operativo (operazione che si chiama shell); il sistema operativo lancia pdfLaTeX, e quando questo ha finito, il sistema operativo ripassa il controllo a TeXstudio che provvede ad aprire o ad aggiornare la finestra di visualizzazione che mostra il documento composto.
Come fa a saper pdfLaTeX che il file è codificato in UTF-8? non lo sa e verosimilmente pdflatex assume di default la codifica ASCII (caratteri codificati solo con 7 bit) e probabilmente non ti scrive nessuna lettera accentata e pochi o nessun carattere speciale diverso da quelli che sono nella codifica ASCII. Se scrivi in inglese puoi anche non accorgetene, ma se scrivi in italiano vedi il pasticcio che ne ricavi.
Rimetti subito `\usepackaage[utf8]{inputenc}`nel tuo preambolo.
Se quanto ti h raccontato non ti è chiaro, nella sezione Documentazione di questo sito c’è una guida tematica sulle “codifiche” dove viene spiegata bene l’interazione fra lo shell editor e il motore di composizione; ci sono anche dei disegni, se per caso le parole non bastassero.
Visto che ci sono, ti suggerirei, invece, di togliere le righe con l’indicazione `\setcounter{secnumdepth}{6}
\setlength\arrayrulewidth{0.3mm}`Le ragioni? Numerare ogni capoverso (\paragraph{tiolo del capoverso}) e ogni comma (\subparagraph{titolo del comma}) è pura follia. L’altro è che 0.3mm sono circa 1pt; siccome nelle tabelle non ci vanno altri filetti che quelli prodotti da booktabs, inserire altri filetti è poco professionale e, per giunta, spessi 1pt sono così scuri che sembrano listati a lutto.