Ma hai letto il codice? che cosa pensi che serva `\CitationPrefix{\thechapter.}`
Se vuoi toglierlo, toglilo pure, ma poi non lamentarti se i comandi \cite{…} ti mandano spesso ai riferimenti del primo capitolo e in particolare se avrai un mucchio di errori di duplicate reference.
Se ti ho inserito quel codice nel’EMC che ti ho preparato è perché serve a qualche cosa, non è solo una decorazione. Comunque commenta quella riga e prova a vedere che cosa succede: solo per convincerti.
Non ti piace? Pazienza: non puoi avere, come dice il vecchio proverbio un po’ sessista, la moglie ubriaca e la botte piena.
Ci sarebbe una soluzione: togliere quella riga ma devi assicurarti che ogni capitolo contenga riferimenti ad opere diverse da quelle di ogni altro capitolo; se questo non è possibile ti devi tenere il numero del capitolo.
Pensandoci su si potrebbero trovare soluzioni, ma che richiedono un mucchio di editing e secondo me il gioco non vale la candela.