Ciao giocando un po’ con LaTeX nel tentativo di risolvere il tuo problema ho trovato un modo alternativo per scrivere quello che vuoi, il problema dell’allineamento verticale non saprei come risolverlo ho consultato diverse guide per scritture in ambito matematico ma non ho trovato niente di buono, un comando che allinea verticalmente è \smash e lo fa rispetto alla linea di base e a quella in alto, prova a cimentarti con quello magari arrivi alla soluzione, oppure potresti tentare di utilizzare una specie di tabella all’interno del pedice (ho provato anche quello ma i risultati non sono stati interessanti). Alla fine sono arrivato a questo modo che ti posto:
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$\bigcap\underset{\mathcal{B} \in \mathfrak{F}_{\mathcal{E}}}{}$
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è molto simile al tuo l’unica cosa è che “spazia” un po’ di più in orizzontale e mette il pedice più in basso.
Ciao Alberto