Non solo devi togliere \clearpage ma ti consiglio di usare \input al posto di include.
Tra l’altro \include è uguale a \clearpage\input quindi è come se avessi due \clearpage.
Il comando \chapter di solito ingnora i comandi \clearpage e quindi usa \input.
Per quanto riguarda le spaziature i parametri da modificare solo in questa pagina
http://www.guit.sssup.it/phpbb/viewtopic.php?t=2136&start=0&postdays=0&postorder=asc&highlight=abovedisplayskip.
http://www.guit.sssup.it/phpbb/viewtopic.php?t=3050&highlight=abovedisplayskip
La domanda la feci io un anno fa. Questi comandi e molti altri sono descritti in questo documento http://www.ctan.org/get/info/math/voss/mathmode/Mathmode.pdf.
Comunque ti consiglio di lasciarli stare così come sono.
Per modificare i parametri della pagina il pacchetto geometry è il migliore
http://www.ctan.org/get/macros/latex/contrib/geometry/manual.pdf
Per quanto riguarda \pageref hai un problema che hai solo tu. Non ci pensi più e disabiliti il link. Usa \pageref*
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….pagina~\pageref*{eq:SYSTEM}
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Ciao
Andrea