Dove OS X nasconda le sue impostazioni e quali file usi per contenere le aggiunte ai path di systema è un mistro; comunque io nel mio Lion ho X11.app in ~/Applications/utilities e nel file /etc/paths.d/ c’è il file 50-X1 che è un semplice file di testo che contiene il path di X11 che sarebbe /usr/X11/bin; nella stessa cartella c’è il file con cui viene aggiunto il path del sistema TeX, /usr/texbin.
X11, quindi non ha niente a che vedere con la cartella /opt, ma il path /opt/local/bin c’è anche nel tuo path ottenuto con echo; perché potrebbe contenere in tutte le sottocartelle di /opt/local la stessa struttura di cartelle che compaiono in qualunque piattaforma Linux.
/etc, /opt/ /usr/ sono tutte cartelle nascosta e normalmente non le vedi in finder; ci arrivi, però, se le scrivi nell’apposita finestrina del dialogo che ti appare quando nella finestra del Finder clicchi su “Go”; ma questo credo che tu lo sappia già.
Io non sono la persona più preparata per scovare gli organi interni del sistema operativo e di metterci le mani sopra; quando ne ho bisogno faccio una gran fatica e gni volta che ci riesco scopro di essermi dimenticato di prendere appunti. 😐