Comincia col togliere
\usepackage{color}
Beamer carica da solo il pacchetto xcolor.Inoltre carichi due volte subfigure.
E il richiamo a hyperref è sparito dal tuo esempio ?
Quando ti si chiede un ECM devi dare un esempio COMPLETO che riproduce il problema altrimenti non serve a niente.
`\documentclass[10pt,hyperref={pdfpagelabels=false}]{beamer}
\usetheme{Warsaw}
\usecolortheme{crane}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage{wrapfig}
\usepackage{multicol}
\usepackage[italian]{babel}
\usepackage{subfigure}
\usepackage{beamerthemesplit}
\usepackage{subfigure}
\usepackage{pgf}
\renewcommand{\theta}{\vartheta}
\setbeamercovered{transparent}\pgfdeclareimage[height=2cm]{an}{an}
%\logo{\pgfuseimage{an}}\title{Struttura dei nucleoni}
\author{Angelantonio Castelli}
\titlegraphic{\pgfuseimage{an}}
\date{27 Novembre 2008}
\institute{Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali\\
Corso di Laurea in Fisica\\
“La Sapienza'' — Università di Roma}\begin{document}
\begin{frame}
\maketitle
\end{frame}
\end{document}`
Ho provato il tuo documento. Togli intanto i 2 subfigure e pgf che è già caricato da beamer (come scritto nella doc). Per il resto, a me non dà il warning che dici tu. Mi lascia quelli sui caratteri, sulle dimensioni e sull’obsolescenza di alcuni pacchetti… ma il pagelabels sparisce correttamente, come già detto.
Mi sembra che siamo a posto così, a parte quelle correzioncine.