Ciao!
Premesso che la mia tesi è stata di ambito scientifico, ho avuto modo di aiutare nella redazione di una tesi in LaTeX di ambito umanistico. Per quanto riguarda Classicthesis, dal mio punto di vista, può essere adatto anche a tesi umanistiche ma, se l’università richiede delle specifiche molto stringenti, diventa complesso e inutile utilizzarlo.
Se hai tante specifiche diverse io userei la classe book inserendo poi tutte le modifiche necessarie (margini, interlinea, etc.) con i rispettivi pacchetti. Guarda l’articolo di Mori per avere qualche dettaglio aggiuntivo: http://www.guit.sssup.it/guitmeeting/2005/articoli/mori.pdf
Non saprei per le note bibliografiche al piede della pagine, non mi è mai capitato di vederne. Non conosco un pacchetto adatto a questa tipologia di note ma probabilmente qualcuno sul forum ne sa di più.