Ho modificato il tuo codice (cancellando alcune righe che non influiscono sul problema), aggiungendo una specifica .east al nome del nodo.
Così facendo TikZ trova le informazioni per piazzare la freccia altrimenti la mette sul nodo e con inclinazione 0.
`\documentclass[11pt]{article}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{positioning}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
[inner sep=2pt,
pnode/.style={circle,draw,fill=black}, auto,>=latex]
\node (top-c) [pnode,label=above:$\top$] {};
\node (geq0-c) [pnode,label=left:$\geq 0$,below=of top-c] {};
\node (eq0-c) [below=of geq0-c,pnode,label=left:$> 0$] {};
\node (bottom-c) [below=of eq0-c,pnode,label=below:$\bot$] {};
\draw [-] (top-c) — (bottom-c);
\node at (4,0) (top-a) [pnode,label=above:$\top$,label distance=2pt] {};
\node (geq0-a) [pnode,label=left:$\geq 0$,below=of top-a] {};
\node (eq0-a) [pnode,label=left:$> 0$,below left=of geq0-a] {};
\node (safe-a) [pnode,label=right:safe,below=of geq0-a] {};
\node (edge-a) [pnode,label=right:edge,below right=of geq0-a] {};
\node (bottom-a) [pnode,label=below:$\bot$,label distance=2pt,below=of safe-a] {};
\draw [-] (top-a) — (geq0-a);
\draw [-] (geq0-a) — (safe-a);
\draw [-] (geq0-a) — (edge-a);
\draw [-] (geq0-a) — (eq0-a);
\draw [-] (safe-a) — (bottom-a);
\draw [-] (edge-a) — (bottom-a);
\draw [-] (eq0-a) — (bottom-a);
\draw [->] (eq0-a) .. controls +(down:1cm) and +(right:3pt) ..
node[sloped] {east too} (eq0-c.east);
\draw [->] (geq0-a) .. controls +(up:1cm) and +(right:3pt) ..
node[sloped] {east} (geq0-c.east);
\end{tikzpicture}
\end{document} `
a pagina 311 del manuale ci sono le specifiche per ancorare meglio la freccia. Prova per esempio .north east.
Rimane il problema della rotazione della freccia che compare sempre ad asse orizzontale, ma leggendo bene il manuale potrebbe esserci la soluzione anche a questo.
Ciao.