mi pare che in questo topic ci sia un po’ di confusione.
se non ho capito male filippo mischi due concetti profondamente diversi, l’encoding del tuo file di input e il font utilizzato come output.
il file di input deve essere un banale file di testo non formattato, i cambiamenti di font che applichi con un editor sul sorgente nulla hanno a che vedere con l’output del file compilato. normalmente dovrebbe essere un ascii puro e duro, poi dopo esistono varie possibilità che permettono di estendere le possibilità di input, notoriamente il pacchetto inputenc che per esempio permette di inserire direttamente le lettere accentate e non come sequenze di comandi. insomma, fai un file di puro testo e basta.
per cambiare i font nel compilato devi utilizzare i comandi appositi. purtroppo il discorso è un filo lungo, se vuoi beneficiare di questa possibilità ti consiglio la lettura del capitolo dedicato ai font di un qualsiasi libro su LaTeX. non è troppo complicato e nemmeno lungo
ciao
f