WinEdT ha fra le sue caratteristiche quella delle translations;attivandole da Options|Settings in modo che siano attive per i file con estensione .tex (il modo tex) sia per la funzione read sia per quella write; così si scriverà sempre con la tastiera italiana e WinEdit provvederà da solo a cambaire la scrittura per registrare un file .tex che contiene solo segni ascii, sviluppando da solo le lettere accentate in sequenze TeX.
Al contrario se si deve aprire un file che contiene le sequenze TeX, le ritrasforma in lettere accentate sullo schermo, in modo che la visione sullo schermo sia molto più agevole.
Per i simboli strani, temo che tu debba fare una sostituzione con dei replace.
Quindi replace multipli ed automatizzati.
Ciò risolve il problema in maniera semplice ed elegante, lasciando inalterato il format file e inalterate le istruzioni di input
Daniele