Ciao.
Se eliminando TeXLive 2007 ti viene eliminato anche Kile (e mi sembra sia effettivamente il caso) puoi procedere poi nel modo seguente (naturalmente prima salva i file di configurazione di Kile presenti in .kde).
1) Installa TeXLive 2009 su Ubuntu, dopo averlo scaricato dal link suggerito da robitex (nota: se da Synaptic installi il modulo Perl/Tk avrai anche a disposizione una comoda interfaccia grafica per l’installazione).
2) Crea il pacchetto texlive-dummy, come suggerito in questo link:
(è riferito a TeXLive 2008, ma funziona benissimo anche con la versione 2009).
3) Installa il pacchetto texlive-dummy.
4) Installa Kile (grazie al pacchetto del punto 2) non ci saranno più dipendenze con TeXLive 2007).
5) Eventualmente recupera i file di configurazione della versione precedente.
Eventuali file aggiunti dovrebbero essere sistemati in ~texmf/tex/latex (saranno riconosciuti automaticamente).
Claudio