Punti interrogativi nei riferimenti di bibliografia con Lyx

Salve,
sto scrivendo la mia tesi con Lyx. Ho un file principale dove richiamo tutti i file dei singoli capitoli. In modo analogo ho inserito nel file principale il file della bibliografia. Quando inserisco la citazione nel testo nei vari capitoli e creo il pdf, invece dei numeri di riferimento alla bilbliografia, ottengo dei punti interrogativi. C’è qualcosa che sbaglio? Grazie per il vostro aiuto.