Re: numerazione slides in Beamer e nel pdf finale

personalizza la footline (se vuoi metterlo nel footline) aggiungendo la pagina con la macro \thepage.
controlla sulla guida di beamer il settaggio di un template (comando \setbeamertemplate).
se non ce la fai, spiega in dettaglio come/dove vuoi il numero di pagina e te lo preparo io.
la seconda cosa che vuoi non si puo’ fare.
le pagine di un pdf non possono avere oggetti che appaiono/scompaiono, l’unico modo per avere quelle feature e’ duplicare il frame.