Per sapere se hai o non hai certi pacchetti vai in
\usr/local/TeXlive/2009/texmf-distr/tex/latex/
e lì troverai qualche centinaio di catelle, ognuna, generalmente, dedicata ad un solo pacchetto; Molte come …/base/ contengono i pacchetti originali di LaTeX, fra cui inputenc e fontenc, e diversi altri.
Se hai caricato MacTeX 2009, hai caricato “tutto” il possibile; tranne i pacchetti che non sono distribuiti da TeX Users Group nell’archivo CTAN. Quindi non so perché tu concluda che non disponi dei pacchetti standard di cui dispongono anche le versioni “minime” di qualunque distribuzione del sistema TeX. Probabilmente interpeti male le informazioni nella finestra della console.
Quello che invece succede con i tuoi accenti è che TeXshop nasce configurato per usare l’encoding UTF-8; tu poi naturalmente impostarlo come ti ha detto Enrico; oppure puoi riscrivere il tuo file da complare, probabilmente scritto originariamente con l’encoding latin1, in modo da usare l’encoding UTF-8.
Oppure puoi editare il tuo file sorgente cambiando globalmente ogni à con \`a, ogni è con \`e, eccetera. Se hai una tastiera italiana stai attento all’accento grave.
In questo modo il tuo file contiene solo caratteri strettamente ASCII, e comunque si impostato il tuo TeXshop gli accenti vengono sempre bene. Questa via è un po’ masochistica, ma funziona; per altro sarebbe bene che seguissi le indicazioni di Enrico e di Lorenzo così da impratichirti di questa faccenda degli encoding., delle codifiche dei caratteri introdotti nel file sorgente mediante l’uso della tastiera.