Una volta usavo Prosper; ora, da qualche anno, uso beamer.
Secondo me, e ovviamente si tratta di una opinione personale, beamer è meglio integrato con il formato PDF, l’unico che uso sempre, per qualunque composizione, e non passo mai attraverso il formato PS. Nota che prsper di default compone in PostScript e poi trasforma in pdf, se vuoi questo formato, passando attraverso ps2pdf oppure, con la debita opzione, attraverso distiller. In questo modo con prosper puoi usare pdftricks.
Con beamer, fatto per funzionar con pdflatex di cui sfrutta ogni possibile remota funzionalità, come per esempio le figure linkate invece che caricate direttamente in ogni slide, non potresti usare pdftricks, ma puoi usare Tikz che fa quasi tutto quello che può fare pstricks. In fondo pgf/tikz e beamer sono stati scritti dallo stesso autore, che lo ha fatto essenzialmente per se stesso per ottenere il massimo per le sue presentazioni — un po’ come Knuth ha creato TeX perché non era soddisfatto come le case editrici pubblicavano i suoi libri 8)
Personalizzare le slide con beamer non è semplicissimo, ma è facilitato dal fatto che i pacchetti accessori sono modulari e ci pensa beamer da solo a caricarseli a seconda delle opzioni che specifichi; sono sicuro che sul testo di Lorenzo trovi molte buone indicazioni in merito.