Secondo me, che uso sempre doc/docstrip, non c’è molta differenza fra un metodo di literate programming ed un altro; si tratta sempre di commentare abbondantemente il file sorgente della classe, secondo al sintassi propria del sistema in uso in modo che il codice sia chiaro sia a chi l’ha scritto sia a chi lo legge, in modo che a distanza di mesi o di anni si possa capire quello che si è fatto.
Annotare i file sorgente dei programmi è una cosa che o non si fa mai (o non lo si fa a sufficienza) o lo fanno solo i programmatori professionisti.
Un file di classe è un programma; se usi solo comandi di alto livello, i nomi die comandi sono più o meno autoesplicativi, ma specialmente i comandi interni per i programmatori (quelli che contengono lettere maiuscole, per intenderci) i commenti possono essere ridotti al minimo; se si usano molto i comandi primitivi del linguaggio TeX (vedi the TeXbook) è bene che ogni cosa sia documentata a dovere, perché spesso quei comandi fanno cose che i comandi LaTeX di solito non fanno.
Quindi il problema non è tanto se sia meglio doc/docstrip oppure xdoc2 o xdoc, ma è quello di scrivere un buon programma adeguatamente commentato. Il controllo della versione è una cosa importante, ma, secondo me secondaria rispetto alla qualità del programma.
Siccome mi pare di capire che stai per scrivere la tua prima classe, concentrati su quella; poi le altre cose verranno da sole.