Io non uso mai classicthesis e non uso mai fleqn; tuttavia ho voluto provare con il codice seguente:
`
\documentclass{scrbook}
\usepackage[fleqn]{amsmath}
\usepackage{classicthesis}
\usepackage{lipsum}
\begin{document}
\lipsum[1]
\begin{align*}
a+b &=c\\
a+b &=c\\
a+b &=c
\end{align*}
\begin{align}
a+b &=c\\
a+b &=c\\
a+b &=c
\end{align}
\lipsum
\end{document}
`
Il risultato ´certamente meno orrendo, ma sicuramente c’è un baco o un conflitto fra flequn s classicthesis, perché lo spazio sopra gli ambienti \begin{align} con o senza asterisco è di due, invece che di una riga di testo.
Allora, visto che richiami amsmath, usa le strutture di amsmath; se no riesci a eliminare quello spazio eccessivo sopra i grupi di equazioni, mettici un \vspace{-\baseleineskkip] prima e ci metti una topa. Non è bello, ma dovrebbe funzionare; speriamo che gli esperti di classicthesis e di fleqn di amsmath ti possano cosigliare meglio