Per quanto riguarda il secondo problema, anche solo compilando il seguente file
Codice:
\documentclass[12pt,twoside,pdfa]{toptesi}
\begin{document}
Prova
\end{document}
A me funziona benissimo senza nessun warning. I warning di solito non sono altro che fastidiosi; bisogna solo vedere caso per caso che cosa hanno prodotto, ma in generale non sono accompagnati a “danni”.
Per altro da me il tuo esempio funziona benissimo e quindi non posso andare a caccia del comando che produrrebbe il warning da te.
Vedo solo che da me carica sia glyphtounicode.tex sia glyphtounicode-cmr..tex, che evidentemente svolgono funzioni complementari. Ho un warning (piccolo piccolo) da etextools che mi diagnostica correttamente che non sto usando pdftex versione 1.50, cosa per altro necessaria, perché richiesta dalla norma ISO che codifica il formato pdf/a.
Legge pd1enc.def, del 2010/05/04 versione 6.81a, il pacchetto responsabile del “PDFDocEncoding definition” che sembra essere all’origine del tuo warning, ma, appunto, da me non dà errori. Controlla la data e la versione; la mia è l’ultima che sono riuscito ad aggiornare, prima che il TeXlive manager cominciasse a non essere conforme visto che nel repository di TeXlive e MacTeX c’era già in parte la versione della futura distribuzione TeXlive2010.