Ho provato il tuo suggerimento e la situazione è leggermente migliorata, sebbene non mi sembri ancora che i margini siano quelli normali.
Ho provato con il pacchetto layout sulla versione ancora non modificata e mi dava i seguenti parametri:
1 one inch + \hoffset 2 3 \oddsidemargin = 77pt 4 5 \headheight = 15pt 6 7 \textheight = 761pt 8 9 \marginparsep = 19pt 10
11 \footskip = 42pt \hoffset = 0pt
\paperwidth = 597pt
one inch + \voffset \topmargin = -77pt \headsep = 18pt \textwidth = 312pt \marginparwidth = 69pt \marginparpush = 5pt (not shown) \voffset = 0pt
\paperheight = 845pt
e la grafica mostrava benissimo che i margini erano sballati.
Adesso dopo i tuoi comandi risultano:
1 one inch + \hoffset 3 \oddsidemargin = 77pt 5 \headheight = 15pt 7 \textheight = 686pt 9 \marginparsep = 19pt
11 \footskip = 42pt \hoffset = 0pt
\paperwidth = 597pt
2 one inch + \voffset 4 \topmargin = -44pt 6 \headsep = 18pt 8 \textwidth = 312pt
10 \marginparwidth = 69pt \marginparpush = 5pt (not shown) \voffset = 0pt \paperheight = 845pt
Forse il problema potrebbe essere stato generato da comandi che ho usato per far indentare i paragrafi (infatti non indenta i paragrafi dopo il primo, ma non so se questo è normale in classithesis). Comunque grazie!