Ciao,
ho verificato ed effettivamente Gimp 2.6.8 per Ubuntu non salva immagini in PDF (le apre solamente). Tuttavia salva in formato EPS (encapsuleted postscript), così si può ottenere il PDF con un passaggio con ps2pdf.
Oppure si può salvare in PNG e convertire in PDF tramite Image Magick (il comando convert da linea di comando).
Penso però che qualsiasi cosa si faccia, l’immagine finale NON sarà in formato vettoriale intrinseco, ma il PDF sarà solo il contenitore dell’immagine raster, perché il passaggio “clipboard -> qualsiasi programma” avverrà con i singoli pixel.
Tanto vale usare il PNG.
La soluzione ideale è quella di ricostruire i grafici con lo strumento adatto come pgfplots oppure un programma esterno al mondo TeX.
Fare una prova con pgfplots per rendersi conto di quanto possa essere il tempo da impiegare.
Per ottenere le tabelle da un foglio di calcolo io di solito mi affido a soluzioni manuali, per esempio creo un nuovo foglio di calcolo dove accanto alle celle che riportano i valori contenuti nel foglio principale con formule, inserisco gli elementi della sintassi LaTeX.
A quel punto mi basta fare un copia incolla dal foglio “vista” al sorgente.
Ciao.