A me hyperref non ha mai dato fastidio in connessione con le note, quindi non so aiutarti su questo punto. Né ho trovato illuminante la lettura del file log.
Invece ti raccomando/suggerisco due cose.
1) il pacchetto hyperref deve sempre essere caricato epr ultimo affinché esso possa modificare quei ocmandi che interferiscono con i riferimenti iertestuali, eventualmente modificati da altri pacchetti; quindi l’ordine di caricamento dei pacchetti in questo caso conta.
2) Invece non eseguire nessuna ridefinizione del modo di scrivere i numeri delle pagine; Hyperref riesce a gestire bene sia i numeri scritti in cifre arabe sia quelli scritti in cifre romane minuscole. Perciò, visto che usi fancyhdr, definisciti i tuoi stili di pagina, eventualmente ridefinendo quelli di default del tuo documento in modo da inserire il comando \scshape nella parte esterna dell’header o centrale del footer dove scrivi il numero della pagina; nota che così facendo i numeri in cifre arabe escono comunque in modo corretto anche se si usa il font per il maiuscoletto.
Inoltre evita di eseguire sezionamenti da mettere nell’indice nella frontmatter ed evita ogni oggetto numerabile in questa parte preliminare. Non è senso, è fuori luogo, e stressa inutilmente il delicato equilibrio di hyperref. Evita quindi anche di inserire label nella front matter: non ha senso riferirvisi dalla mainmatter; se qualcosa della frontmatter deve essere citato, vuol dire che quella parte era fuori posto nella front matter.
Nota che nella prossima versione della GuidaGuIT alcuni programmi e/o distribuzioni del sistema TeX vengono nominati nella frontmatter e vengono riportati nell’indice analitico; si sono dovuti modificare i comandi per inserirli nell’indice analitico affinché i loro riferimenti siano correttamente scritti in numeri romani maiuscoletti. Forse nominare quei programmi nella frontmatter era fuori luogo