Avete provato il pdftoolkit? (http://www.accesspdf.com/pdftk/)
Ottima segnalazione 
Non solo concatena bene i pdf, ma permette anche di ottenere delle dimensione minori della somma dei singoli file da unire.
Proverò a fare altri test, per ora rimane forse il migliore di quelli che ho testato.
Grazie ancora ciao.