Sarebbe bene che ti rispondesse Lorenzo, visto che lui è il maggior sostenitore di ClassicThesis. Io per esempio non ho mai usato ClassicThesis e non ne ho mai sentito la mancanza; non è né un motivo di vanto né un motivo di demerito. Semplicemente non ho mai avuto occasione di averne bisogno.
Però posso dirti un paio di cose:
a) Butta via LyX; lascialo pure sul tuo Mac, ce l’ho anch’io sul mio Mac, ma mi serve solo per aprire qualche raro file con estensione .lyx, che converto e salvo subito in formato .tex, e poi ripulisco con un normale editor da Mac (per esempio TeXShop) per togliere tutte le idiosincrasie di LyX e usare il file come meglio credo in quanto file .tex.
b) TeXShop e TeXworks sono editor ottimi, anche se non hanno la fantasmagorie di colori e di icone che hanno altri editor. Ma non maltrattano il file sorgente come fa LyX (naturalmente a fin di bene, non lo fa apposta per rovinare la portabilità del file sorgente).
c) TeXShop e TeXworks svolgono benissimo il loro lavoro sul Mac; altri editor come TeXmaker (con o senza la X finale) funzionano bene, ma tutte le fantasmagorie che offrono sono per lo più per gli occhi che per una vera utilità. Possono aiutare il neofita, ma poi, con l’andar del tempo danno fastidio ad un utente esperto.
d) non pretendere che LyX o TeXShop o TeXworks o TeXmaker(X) possano fare cose che Latex non è capace di fare da solo; spesso quello che si vuole può essere ottenuto con pacchetti di estensione (per esempio la formattazione delle didascalie) ma per usarli con LyX è necessario che i pacchetti vengano preliminarmente adattati a LyX. Gli altri editor non hanno bisogno di cose simili e usano i pacchetti di estensione senza problemi e senza trucco (nel senso di make-up, non nel senso di prestidigitazione).
Non ti voglio obbligare ad abbandonare LyX, ma prima lo fai e prima starai bene 🙂