Non ne sono sicuro, però credo che il problema possa nascere dall’opzione \foottwocol: se chiedi a Ledmac di mettere le note in due colonna è possibile che, in presenza di sole due note nell’apparato di una pagina, una nota sia a “sinistra” e una a “destra”, con un antiestetico spazio tra le due.
Basta modificare quell’impostazione e si dovrebbe risolvere il problema (per esempio \footparagraph{A}).
Secondariamente, vedo che inserisci così le note:
`
testo {\edtext{dictum}{\Afootnote{\emph{lec. dub.}}} testo `
La prima e l’ultima graffa sono superflue (ma non credo dannose), basta fare così:
`
testo \edtext{dictum}{\Afootnote{\emph{lec. dub.}} testo
`
Con un esempio minimo compatibile (il preambolo e la porzione del testo che causa problemi) forse si potrebbe capire meglio la genesi del problema.
A presto,
Matteo