Da quello che dici sembrerebbe che tu abbia dimenticato di aggiornare il database dei nomi dei file: MiKTeX Settings|Geral|Refresh filename databases
E poi LyX non è uno stile; è un editor che lascia credere all’utente di star scrivendo in modo WYSIWYG, come con Word, tanto per intenderci.
LyX ti può dare un mucchio di grattacapi, vincolato com’è a renderti sullo schermo una pallida idea di quello che fanno i comandi LaTeX che azioni premendo i vari pulsanti.
Prima abbandoni LyX e prima vivrai tranquilla/o
LyX può essere usato in certe rare circostanze, quando vuoi trasformare in LaTeX qualcosa che ha origine in Word o in Writer. LyX ti produce un file LaTeX che richiede non poco maquillage per diventare decente, ma è meglio fare così che riscrivere tutto a mano.