Il “leggermente rientrato’ fa pensare ad uno spazio spurio, di quelli che entrano dentro dopo un graffa chiusa senza essere in modo verticale. per esempio: la tua figura ha una riga vuota prima di \begin[figure} e una riga vuota dopo \end{figure}?
Per esempio nel file sorgente il capoverso che comincia leggermente rientrato da che cosa é preceduto” da qualcosa che finiscee con una graffa chiusa, seguito da un “a capo”.
Devi dare la caccia agli spazi puri.
Non ha senso dire che “Aggiungo che ho impostato l’indentazione solo della prima linea di un nuovo capoverso.” che cosa vuoi dire? che hai caricato il pacchetto indentfirst? se è così hai abilitato il rientro della prima riga del primo capoverso di un paragrafo o di ogni sezione. Per il resto gli altri capoversi successivi al primo hanno sempre la prima riga rientrata quanto la prima riga del primo capoverso quando è stato caricato quel pacchetto indentfirst.
Se un “capoverso” risulta “leggermente rientrato:, non è un capoverso, ma quello che segue una qualche struttura che termina con una graffa chiusa a sua volta NON seguita da un segno di commento.