Ciao tobaz,
che io sappia avere cotemporaneamente MiKTeX e TeXLive non è una cosa consigliabile, ma potrei anche sbagliarmi. Io sono passato da MiKTeX a TeXLive 2010, e devo dire che per quanto riguarda gli aggiornamenti è forse (anzi, per me sicuramente) anche più semplice di MiKTeX. Inoltre esegue la conversione delle immagini dei formati non accettati da pdfLaTeX prima di compilare il file .tex.
L’unica pecca che ho trovato io, che davvero ancora adesso mi stupisce, è la gestione della main memory per pgfplots. Questo implica il non poter tracciare grafici con più di poche migliaia di punti (cosa piuttosto limitativa). Forse tu non fai i grafici direttamente con LaTeX e quindi questa cosa non ti interessa. Se è così, e hai accesso alla rete dal tuo computer, allora il mio consiglio è: passa a TeXLive e vivi felice. Altrimenti, valuta tu.
Spero di essere stato utile.
Ciao e buona serata,
Marco.