Ca[isco che a prima vista potresti pensa che pdfpages non faccia le imposizioni a quartine, ma leggiti bene la documentazione
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texdoc pdfpages
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e vedrai che pdfpages (che non è un comando ma un pacchetto) fa moltissime cose, comprese le imposizioni in quartine, in ottavi, in sedicesimi , eccetera, prevede lo shift della pagina per tenere conto della rilegatura, (´vero è uno shift costante, per cui le varie gabbie delle successive pagine di un sedicesimo non tengono conto dello spessore della carta dei fogli precedenti della stessa segnatura, ma quando vai in quartine il problema non si presenta.
Per carità se ti va bene RIP EFI, non devi certo cambiare perché il sistema TeX ti offre degli altri strumenti, ma prova una volta a usare pdfpages su un breve documento, se non altro per vedere che cosa è capace di fare.
Son contento che il problema sia risolto; per altro hai installato MiKTeX per l’occasione, ma ti è sfuggito il fatto che sempre, costantemente, noi tutti sconsigliamo di installare la versione basic, ma consigliamo sempre di installare la versione completa.