Se hai scaricato toptesi come pacchetto e provi a installarlo seguendo le indicazioni del file README, stai sbagliando, non per colpa tua, ma per la cattiva abitudine di risparmiare spazio su disco evitando di installare tutta la distribuzione completa del sistema TeX. Non è colpa tua, ovviamente. segui le indicazioni di @Spike e vivrai felice.
L’ultima versione ti toptesi, sia nelle istruzioni in inglese (toptesi.pdf), sia in quelle in italiano (toptesi-doc.pdf) dice chiaramente di non stare a lesinare nell’installazione del sistema TeX e di instalalrlo tutto; e toptesi risulta già installato senza pisogno di pasticciare nulla.
Nelle istruzioni c’è anche scritto che se proprio voi installare a mano devi mettere i vari file in carte cartelle e che se non ci sono le devi creare. Tutte grane evitabili se installi completamente tutto TeX Live (o anche tutto MiKTeX, ma solitamente questo non è aggiornato tanto quento TeX Live; ecco perché TeX Live è da preferire).
Buona tesi