A me è venuto in mente che la causa del vostro problema, restando con MiKTeX (anche se il consiglio di passare a TeX Live continua ad essere valido), sia che la versione 2.9 NON sostituisce la versione 2.8, ma vi convive accanto. Con due distribuzioni della stessa specie sullo stesso PC possono succedere guai di diverso genere, come per esempio quello che succede a voi; dopo aver traferito tutte le vostre impostazioni (anche quelli di MiKTeX Settings) dalla distribuzione 2.8 alla 2.9 seguendo scrupolosamente le indicazioni che si trovano sul sito di MiKTeX, disinstallate completamente, che non ne resti sul PC nessunissima traccia, la versione 2.8. Alcune tracce potrebbero restare sulle variabili di environment o sul PATH. cercate sui vostri PC le informazioni con l’help di sistema per trovare le variabili di environment e i path di sistema e quelli di utente, Poi li potete modificare come vi conviene, togliendo quello che resta della versione 2.8 e aggiungendo, se occorre, quello che riguarda la versione 2.9. Poi dovreste essere sistemati e avere la versione 2.9 che funziona correttamente.
Se cancellate/disinstallate tutte due le versioni MiKTeX e installate TeX Live, la cosa può giovarvi molto, perché questa distribuzione e multipiattaforma e i suoi path e le sue variabili di environment sono locali al programma stesso e non possono venire confuse con altre variabili; anche TeX Live può essere presente sullo stesso disco in versioni successive, ma è molto raro doverne trattenerne qualcuna. il TeX Live manager è in grado di tenere aggiornata la distribuzione TeX Live in modo quasi simultaneo agli aggiornamenti che vengono eseguiti sugli archivi internazionali, mentre MiKTeX richiede che il bravissimo Christian Schenk impacchetti gli aggiornamenti nei famosi file .cab specifici di Windows, ma siccome ci sono mediamente 50 aggiornamenti alla settimana, il suo lavoro diventerebbe improbo, e i suoi aggiornamenti sono molto più rari e non sono mai veramente aggiornati all’ultimo giorno.
Buona fortuna