Continuo con i suggerimenti.
Dopo aver incluso il frontspizio specifichi la numerazione romana, dopo aver incluso gli indici invochi la numerazione araba. e specifichi anche di ricominciare da un con il comando firstpage.
Usando la classe book per la tua tesi hai dei mezzi più efficienti per fare tutto ciò; la classe book offre tre comandi il cui significato è più traparente dei comendi che hai dato: \frontmatter, \mainmatter e \backmatter.
All’inizio della tesi basta dare \frontmatter (materiale inizlale); la numerazione cominicia con le cifre roman e non occorre farla ripartire da 1 con gli indici; Normalmente i libri presentano un occhiello (non è il caso per la tesi) che anche se non ha il numero segnato, corrisponde alla pagina i; poi, visto che i liri sono stampati twoside, il suo retro, senza numero, avrebbe il numero II; nella prossima pagina viene il frontespizio numerato (invisibilmente III), quindi viene la pagina del copyright, numerata (invisibilmente) iv; poi prosegue il materiale iniziale con pagine in sitile plain o headings con la numerazione romana che prosegue e nel tuo caso la prima pagina dell’indice generale sarebbe numerata v; Nella front matter i capitoli, anche se non sono indicati con il comando \chapter asteriscato, non vengono numerati.
Alla fine della parte iniziale si emette il comando \mainmatter (materiale principale, il libro o la tesi vera e propria) e la numerazione delle pagine ricomincia automaticamente da 1 in cifre arabe; i capitoli vengono numerati e vannno a finire nell’indice generale.
Alla fine del corpo del libro/tesi si dà il comando \backmatter; la numerazione araba prosegue, ma in capitoli non vengono più numerati.
In ogni caso ricordati che il comando \pagenumbering, oltre a impostare lo stile di scrittura dei numeri, reimposta il contatore della pagina a 1 e quindi il comando \firstpage è del tutto inutile. Lavorare mediante \frontmatter, \mainmatter e \backmatter è molto più semplice e, sorattutto, è un mark-up molto più chiaro.
In fondo prima della bibliografia mettere la sequenza
`
\newpage
\cleardoublepage
`
è decisamente ridondante, visto che \cleardoublepage esegue da solo i fine pagina necessari per ricominciare a comporre su una pagina dispari (di destra), quindi \newpage è decisamente superfluo. Per carità non succede niente di male, ma non è un bello stile di scrittura del mark-up.