Be’, se er quello il problema, basta dare un adeguato label ad ogni equazione all’interno di subequations, e le hai tutte numerate in modo diverso dalle altre equazioni apposta per mettere in luce la presenza della loro associazione in un sistema, non hai la graffa che ti impedisce eventualmente di andare a pagina nuova a metà sistema consentendoglielo con \displaybreak e puoi riferirti all’intero sistema con un solo altro label.
La mia soluzione della \parbox come vedi risponde alle tue necessità ma è brutta e presenta qualche problemino per cercare la larghezza giusta della scatola; la soluzione di Enrico è migliore ed esiste già il pacchettino che la realizza; la soluzione delle subequations secondo me è la migliore e serve per salvare capra e cavoli.