Se hai la tastiera italiana, la é risulta in posizione di maiuscola rispetto alla è; non vedo perché dovrebbe darti dei fastidi, a meno che tu non disponga di una driver di tastiera personalizzato e pasticciato.
Sì tutti gli accenti sono sbagliati: devono essere tutti gravi, tranne su ché e i suoi derivati, perché, affinché, eccetera; inoltre su sé tonico, su scimpanzé, sui derivati di re, tre, fe’ (esempi: viceré, trentatré, autodafé); quindi appaiono sovente, ma in fondo su poche parole.
`
\title{Paradosso: conclusione apparentemente inaccettabile\thanks{Nel titolo: “una conclusione apparentemente inaccettabile, che deriva da premesse apparentemente accettabili per mezzo di un ragionamento apparentemente accettabile'' Mark Sainsbury.} \dots}
`
Prendi nota anche delle virgolette aperte (che ti ho marcato in rosso) ci vogliono gli “accenti gravi” ALT=96 su Windows, oppure “” usando babel per l’italiano