Utilizzi il pacchetto subfigure? Se si, sbagli in quanto questo pacchetto è obsoleto ed è stato sostituito da subfig. Il tuo esempio diventa:
`\begin{figure}[htbp]
\centering
\subfloat[prima]{\includegraphics[width=3.5cm]{ImgFlux1_1}}\hspace{5mm}
\subfloat[seconda]{\includegraphics[width=3.5cm]{ImgFlux1_2}}\hspace{5mm}
\subfloat[terza]{\includegraphics[width=3.5cm]{ImgFlux1_3}}
\caption{Prova inserimento – prima parte}
\label{fig:flusso_1}
\end{figure}
\begin{figure}[h]
\centering
\subfloat[quarta]{\includegraphics[width=3.5cm]{ImgFlux2_1}}\hspace{5mm}
\subfloat[quinta]{\includegraphics[width=3.5cm]{ImgFlux2_2}}
\caption{Prova inserimento – seconda parte}
\label{fig:flusso_2}
\end{figure}`
Al posto di \hspace{5mm} puoi usare anche \quad o \qquad.
Ciao
Fra