Re: Problema con la bibliografia in file pdf.

È molto difficile dirti che cosa succeda se non riusciamo a duplicare il problema; se riuscissimo a riprodurlo, a costo di eseguire un debug istruzione per istruzione, troveremmo che cosa succede che non va.

Allora tolgi \cleardouble page a \phantom section; copia da report.cls la definizione di \thebibliography; inseriscila nel tu preambolo premettendovi il comando \makeatletter, visto che stai ridefinendo un ambiente del nucleo di LaTeX; cambai \newenvironment in \renewenvironment e poi aggiungi la riga \addtocontents{toc}{part}{Bibliography} dopo la riga che contiene \chapter*.

Ricompila e vedi se succede ancora.