MiKTeX è una distribuzione del sistema TeX, non è un programma.
Bisogna vedere se hai la versione 2.9 o una versione più vecchia di questa distribuzione.
In ogni caso, come tutti sanno, il motore di composizione latex può includere SOLO immagini eps, il motore di composizione pdflatex precedente al 2010 può includere solo immagini pdf, png, jpg; a partire dal 2010 pdflatex può includere ANCHE i file eps.
Se hai una distribuzione “vecchia”, puoi verificare se il motore di composizione è attivato con l’opzione –enable write18; se non lo è dai il comando da linea di comando esplicitando questa opzione; in ogni caso la documentazione di MiKTeX dice come fare per modificare la stringa di lancio del programma. poi nel tuo file sorgente carica il pacchetto epstopdf.