Come includi quei sorgenti? Come file esterni oppure direttamente nel documento LaTeX?
Personalmente, per i listati (se temi che il pacchetto listings sia un po’ troppo complesso oppure non all’altezza delle tue aspettative) consiglierei il pacchetto fancyvrb.
Per il problema dei riferimenti, io credo che l’uso del pacchetto float per ridefinire una nuova classe di oggetti flottanti (quindi, potendo utilizzare i riferimenti delle tabelle e delle figure allo stesso modo) possa essere il decisivo passo avanti. Se non intendi usare ambienti flottanti, puoi usare lo stesso meccanismo di riferimento su oggetti non flottanti reso disponibile dal pacchetto caption.
Ciao.
PS: ho cambiato personalmente il titolo del topic, che sarebbe stato altrimenti un po’ poco specifico.