Da quello che descrivi, mi pare di capire che ci sia qualcosa che non va nei file ausiliari, Quando tu compili un file latex fresco fresco, la compilazione va a buon fine perché non ci sono i file ausiliari; dalla seconda compilazione in pi invece ti da quegli errori.
Allora apri via via con texworks o con qualunque altro editor ascii via via tutti i file ausiliari, .aux, .toc, .lof. lot, collegati al tuo file latex e guarda quello che presenta dentro uno dei suoi argomenti o una graffa mancante, o un riga vuota, o simili stranezze. quando lo trovi, torna la file sorgente cercando quale sia quella cosa che spedisce al file ausiliario quella strana cosa e correggilo.
Poi per carità cambia le impostazioni per la numerazione delle varie sezioni e di quali vanno a finire nell’indice (contatori secnumdepth e tocdepth) perché non vorrai mica che nell’indice siano elencati non solo i capoversi ma anche i sotto capoversi? Inoltre perché usi un sezionamento così profondo? Sei sicuro di quello che stai facendo?