I \cleardoublepage, anche usando classicthesis, non dovrebbero essere necessari perché sia il comando \part sia il comando \chapter incominciano loro stessi con un \creardoublepage.
Il comando \part non racchiude niente e non modifica nemmeno la numerazione dei capitoli; quindi dividere una tesi in parti non è il massimo, a meno che non sia una tesi compilativa di 3000 pagine:smile:
Se vuoi cominciare una nuova parte intitolata Risultati sperimentali sei padronissimo di farlo e ti costa solo due pagine in più, quella dove c’è scritto Paerte III e poi Risultati sperimentali. Per il resto non ti cambia niente.
Nell’indice generale puoi aggirare il problema in un altro modo, invece di dividere in parti con le relative pagine in più (non ne faccio una questione di costi o di ecologia) puoi inserire del spaziature verticali mediante il comando \addcontentsline il cui argomento è solo un comando di spaziatura verticale, tipo \vspace{\baselineskip}, e perciò viene inserita solo nell’indice una riga bianca prima del capitolo successivo; è un modo di sezionare l’indice senza creare parti e senza aggiungere pagine in più.
Il fatto che tu divida in parti o lo voglia fare può dipendere dal contenuto della tesi fatto di parti che sono logicamente separate, ma io non lo farei. Però è una decisione tua.