Non è che non si possa fate: togli tranquillamente \afterpage (e le due graffe che contornano l’ambiente longtable).
Nello schema del documento che ti ho scritto ho messo tante righe di puntini, che rappresental ‘ovvia omissione degli altri pacchetti, e dell’altro testo che precede e segue la tabella.
Ma ha senso interrompere un capoverso per metterci una tabella di più di due pagine?
Risponditi a questa domanda e allora capisci perché con \afterpage puoi cominciare la tabella all’inizio della pagina successiva.
Se il testo lo consente, cioè se puoi mettere la tabella fra due capoversi la cui interruzione sia a metà pagina, forse sarebbe ancora meglio. Fai solo precedere e seguire l’ambiente longtable da una riga vuota seguita da un \bigskip in modo da inserire abbastanza spazio fra il testo e la tabella.
In teoria potresti mettere al tabella alla fine del paragrafo corrente, purché tu lo faccia senza usare \afterpage che talvolta perde dei pezzi per la strada se ci sono in coda degli oggetti mobili o anche se ci sono dei comandi di sezionamento.
Per altro il comando \label ti consente di definire un nome mnemonico per la tabella, per cui dovunque vada a cadere, dovunque la piazzi, nel testo vi fai riferimento con il comando \ref che come argomento abbia la stessa etichetta del comando \label.
Hai premesso che sei nuova a LaTeX, ma sicuramente hai letto la guida intitolata l’Arte di scrivere con LaTeX, che, se ti mancasse, puoi scaricare dalla pagina dei Download del Vecchio Sito (link qui sopra). Perché i tuoi dubbi relativi al fatto di usare o non usare mathematica erano giustificati, ma queste ultime domande sono quelle di una persona che non si è documentata abbastanza.
Scusami se te lo dico, e so che tutti si arrabbiano quando glielo dico, ma certe cose bisogna dirle lo stesso quando è necessario.