Ti ricordi che per avere l’indice aggiornato devi eseguire due volte pdfLaTeX?
Non ho mica capito perché hai incrementato il numero di pagina di -1 e poi dai un \cleardoublepage che ovviamente si fermerà su una pagina dispari, ma fuori ordine visto che hai decrementato il contatore delle pagine; il comando \chapter* contenuto dentro l’ambiente thebibliography (quello che viene effettivamente eseguito quando dai il comando \bibliography} esegue un altro \cleardoublepage e dopo che hai mandato nell’indice l’indicazione per la bibliografia.
Per la paigna bianca usa il pacchetto emptypage e dopo aver messo nel preambolo quella chiamata a quel pacchetto scrivi:
`
% Una pagina bianca
% \newpage
% \thispagestyle{empty}
% \addtocounter{page}{-1}
% Personalizza bibliografia
\renewcommand{\bibname}{\bfseries\Large REFERENCES\par\vspace{-20pt}}
\makeatletter\def\@biblabel#1{#1.}\makeatother
\bibliographystyle{phd}
\begin{flushleft}
\cleardoublepage
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{chapter}{REFERENCES}
\bibliography{References}
\end{flushleft}
`
Cerca di non fare questi pasticcetti; e non usare \bf, ma \bfseries; \bf è un comando di LaTeX209, vecchio di almeno 16 anni, conservato da alcune classi per compatibilità con il passato e non presente in altre classi; è incompatibile con il New Font Selection Scheme usato da pdfLaTeX, almeno in certe circostanze, perché reimposta tutte le caratteristiche dei font (encoding, famiglia, serie e forma) a quelle del font normale, quello predefinito. In sostanza equivale a scrivere \normalfont\bfseries, e quel \normalfont potrebbe rovinarti la composizione.